La prima notizia riferibile con certezza alla chiesa, situata nella piazza omonima a nord-ovest della città, è datata 1123. La sua denominazione originaria, San Salvatore in muro, deve probabilmente derivare dal fatto di essere stata edifica sulle rovine del teatro romano, a ridosso delle mura coeve.
Nel 1377 la chiesa fu ristrutturata completamente dai frati agostiniani che già avevano il loro convento in quella zona. I lavori si protrassero nel XV secolo con la costruzione del chiostro del monastero ma la facciata dell’edificio, sede della corporazione dei battiloro, non fu mai terminata. Nella seconda metà del Trecento Simone Boccella fece costruire la cappella intitolata alla Madonna del Sasso, che, come attestano i due stemmi inseriti sul muro esterno, fu di patronato della famiglia.