L’edificazione in luogo detto ‘alla Fratta’ di una chiesa retta dall’ordine francescano e intitolata a Santa Maria Maddalena, risulta già avvenuta nel 1232. Nel volgere di pochi decenni, il favore, anche di tipo spirituale, incontrato dai minoriti, rende indispensabile quella di una nuova chiesa, più grande e da intitolarsi a San Francesco. Tra il 1345, quando Francesco Guinigi fa costruire ad est del chiostro la cappella di Santa Lucia, e i primi del Quattrocento, quando Paolo Guinigi fa ampliare la zona absidale, la chiesa, che nel frattempo assume il nome del santo fondatore, è pressoché ultimata. Resta tuttavia incompleta, e resterà tale fino al Novecento, la facciata, compiuta solo fino a metà altezza, caratterizzata da un rivestimento marmoreo a fasce parallele bicrome, scandito in tre archeggiature con portale strombato in quella centrale A fianco del portale si trovano due arche tombali, quella di sinistra fu collocata nel 1249 dalla famiglia Bettori, estintasi con Fra Filippo, priore del monastero di Fregionaia nel 1400. L’iscrizione di corredo allo stemma, posta nel 1635 dai Mazzarosa sopra di essa documenta il legame tra le due casate.
